Difference between revisions of "Part:BBa K3734004"
Line 7: Line 7:
  
 
<head>
 
<head>
−
    <meta charset="utf-8" />
 
−
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1, shrink-to-fit=no" />
 
−
    <meta name="csu_china" content="csu_china" />
 
−
    <title>Team:csu_china</title>
 
−
    <!-- Favicon-->
 
−
    <link rel="icon" type="image/x-icon" href="assets/favicon.ico" />
 
−
    <!-- Font Awesome icons (free version)-->
 
−
    <script src="https://use.fontawesome.com/releases/v5.15.3/js/all.js" crossorigin="anonymous"></script>
 
−
    <!-- Google fonts-->
 
−
    <link href="https://fonts.googleapis.com/css?family=Montserrat:400,700" rel="stylesheet" type="text/css" />
 
−
    <link href="https://fonts.googleapis.com/css?family=Roboto+Slab:400,100,300,700" rel="stylesheet" type="text/css" />
 
−
    <!-- Core theme CSS (includes Bootstrap)-->
 
  
−
    <script src="http://code.jquery.com/jquery-latest.js"></script>
 
−
    <script src="https://2021.igem.org/wiki/index.php?title=Template:CSU_CHINA/JS/script&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
−
    <script src="https://2021.igem.org/wiki/index.php?title=Template:CSU_CHINA/JS/scripts&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
 
</head>
 
</head>
  
 
<body>
 
<body>
−
    <style>
+
<h2 class="pageContent-main__title">
−
        .MathJax nobr>span.math>span {
+
−
            border-left-width: 0
+
−
        }
+
−
       
+
−
        ;
+
−
        html,
+
−
        body {
+
−
            font-family: 'Source Sans Pro', -apple-system, BlinkMacSystemFont, 'Segoe UI', Roboto, 'Helvetica Neue', Arial, sans-serif;
+
−
            font-size: 16px;
+
−
            word-spacing: 1px;
+
−
            -ms-text-size-adjust: 100%;
+
−
            -webkit-text-size-adjust: 100%;
+
−
            -moz-osx-font-smoothing: grayscale;
+
−
            -webkit-font-smoothing: antialiased;
+
−
            box-sizing: border-box;
+
−
            width: 100%;
+
−
            background-color: #fff;
+
−
            min-height: 100vh;
+
−
            padding: 0;
+
−
            margin: 0;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        ::-webkit-scrollbar {
+
−
            display: none;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        *,
+
−
        *:before,
+
−
        *:after {
+
−
            box-sizing: border-box;
+
−
            margin: 0;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        :root {
+
−
            --primary: #074E9F;
+
−
            --primary-transparent: rgba(7, 78, 159, 0.5);
+
−
            --blue: #6DBFFF;
+
−
            --yellow: #FFC93C;
+
−
            --dark: #0d2b4d;
+
−
            --title-color: #004290;
+
−
            --text-color: #00244E;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #navbar {
+
−
            position: absolute;
+
−
            left: 0;
+
−
            top: 0;
+
−
            width: 100%;
+
−
            /* background-color:  */
+
−
            background: var(--primary-transparent);
+
−
            backdrop-filter: blur(8px);
+
−
            -webkit-backdrop-filter: blur(8px);
+
−
            transition: all .3s;
+
−
            z-index: 999;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #navbar>.logo {
+
−
            width: 100%;
+
−
            padding: .5rem 0 0 0;
+
−
            text-align: center;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #collapse {
+
−
            padding: 0 3%;
+
−
            display: flex;
+
−
            flex-direction: row;
+
−
            transition: all .3s;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #content {
+
−
            width: 100%;
+
−
            padding: 0;
+
−
            margin: 0;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #top_title {
+
−
            display: none;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #collapse>.navbar-list {
+
−
            flex-shrink: 0;
+
−
            padding: .5rem;
+
−
            display: flex;
+
−
            flex-shrink: 0;
+
−
            text-align: center;
+
−
            flex-direction: row;
+
−
            vertical-align: center;
+
−
            align-items: center;
+
−
            text-align: center;
+
−
            justify-content: center;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #collapse>.mainlist {
+
−
            flex: 1;
+
−
            /* overflow-y: hidden;
+
−
                overflow-x: auto; */
+
−
            /* overflow: auto; */
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #collapse>.navbar-list>.navbar-list__item {
+
−
            font-size: .9rem;
+
−
            line-height: 1.5rem;
+
−
            color: #ffffff;
+
−
            font-weight: bold;
+
−
            padding: .3rem 1rem;
+
−
            /* flex: 1; */
+
−
            text-decoration: none;
+
−
            margin: 0 .3rem;
+
−
            font-family: San Francisco Display;
+
−
            transition: all .3s;
+
−
            border-radius: 2rem;
+
−
            position: relative;
+
−
            cursor: pointer;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #collapse>.navbar-list>.navbar-list__item:hover {
+
−
            overflow: visible;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #collapse>.navbar-list>.navbar-list__item .navbar-list__menu {
+
−
            position: absolute;
+
−
            top: 2.2rem;
+
−
            background-color: #ffffff;
+
−
            border-radius: 5px;
+
−
            box-shadow: 0 3px 10px -2px rgba(0, 0, 0, 0.1);
+
−
            width: 10rem;
+
−
            left: calc(50% - 5rem);
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #collapse>.navbar-list>.navbar-list__item .navbar-list__menuItem {
+
−
            padding: .5rem 1rem;
+
−
            color: #333;
+
−
            display: block;
+
−
            text-decoration: none;
+
−
            cursor: pointer;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #collapse>.navbar-list>.active,
+
−
        #collapse>.navbar-list>.navbar-list__item:hover {
+
−
            background-color: var(--yellow);
+
−
            color: var(--primary);
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #collapse>.navbar-list>.teamname {
+
−
            font-size: 1.5rem;
+
−
            color: var(--yellow);
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #logo {
+
−
            width: 2.5rem;
+
−
            height: 2.5rem;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #home {
+
−
            width: 100%;
+
−
            min-height: 100vh;
+
−
            background-color: #ffffff;
+
−
            display: flex;
+
−
            flex-direction: column;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #home>.pageHead {
+
−
            height: 80vh;
+
−
            width: 100%;
+
−
            position: relative;
+
−
            background-position-y: top;
+
−
            background-position-x: center;
+
−
            background-size: cover;
+
−
            background-image: url('/static/images/lab.png');
+
−
            display: flex;
+
−
            flex-direction: column;
+
−
            justify-content: flex-end;
+
−
            z-index: 0;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #home>.pageHead::before {
+
−
            content: "";
+
−
            position: absolute;
+
−
            top: 0;
+
−
            left: 0;
+
−
            width: 100%;
+
−
            height: 80vh;
+
−
            background-color: rgba(0, 36, 78, .5);
+
−
            z-index: -1;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #home>.pageHead>.pageHead-content {
+
−
            text-align: center;
+
−
            display: flex;
+
−
            flex-direction: column;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #home>.pageHead>.pageHead-content>.pageHead-content__title {
+
−
            font-size: 5rem;
+
−
            color: #ffffff;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #home>.pageHead>.pageHead-content>.pageHead-content__description {
+
−
            margin: 6rem 10% 4rem 10%;
+
−
            font-size: 1rem;
+
−
            color: #ffffff;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #home>.pageContent {
+
−
            display: flex;
+
−
            flex-direction: row;
+
−
            min-height: 60vh;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #home>.pageContent>.pageContent-side {
+
−
            width: 20%;
+
−
            max-width: 200px;
+
−
            flex-shrink: 0;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #navlist {
+
−
            background-color: var(--dark);
+
−
            padding: 2rem .5rem 4rem .5rem;
+
−
            min-height: 55vh;
+
−
            border-bottom-right-radius: 2rem;
+
−
            position: relative;
+
−
            text-align: center;
+
−
            display: flex;
+
−
            flex-direction: column;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #navlist>.pageContent-navlist__head {
+
−
            padding: 1rem 0 1rem 0;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #navlist>.pageContent-navlist__head>.logo {
+
−
            margin: 1rem auto;
+
−
            width: 3.5rem;
+
−
            height: 3.5rem;
+
−
            border-radius: 50%;
+
−
            background-color: #dfdfdf;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #navlist>.pageContent-navlist__head>.title {
+
−
            color: #ffffff;
+
−
            font-size: 1.5rem;
+
−
            font-weight: bold;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #navlist>.pageContent-navlist__item {
+
−
            color: #ffffff;
+
−
            font-size: 1rem;
+
−
            padding: .6rem .1rem;
+
−
            margin: .1rem 0;
+
−
            text-align: center;
+
−
            width: 100%;
+
−
            transition: all .3s;
+
−
            text-decoration: none;
+
−
            border-radius: 3px;
+
−
            cursor: pointer;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #navlist>.pageContent-navlist__item:hover,
+
−
        #navlist>.active {
+
−
            background-color: var(--yellow);
+
−
            color: var(--dark);
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #pagecontent {
+
−
            padding: 2rem 5%;
+
−
            position: relative;
+
−
            flex-shrink: 0;
+
−
            flex: 1;
+
−
            max-width: 70%;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #pagecontent .pageContent-main__title {
+
−
            font-size: 2rem;
+
−
            line-height: 2.5rem;
+
−
            color: var(--dark);
+
−
            position: relative;
+
−
            display: block;
+
−
            width: 95%;
+
−
            margin: 3rem auto 2rem auto;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #pagecontent .pageContent-main__subtitle {
+
−
            font-size: 1.5rem;
+
−
            line-height: 2.5rem;
+
−
            color: var(--dark);
+
−
            position: relative;
+
−
            display: block;
+
−
            width: 95%;
+
−
            margin: 3rem auto 2rem auto;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #pagecontent .pageContent-main__title::after {
+
−
            content: "";
+
−
            position: absolute;
+
−
            width: 100%;
+
−
            height: 3px;
+
−
            background-color: var(--dark);
+
−
            left: 0;
+
−
            bottom: -1rem;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #pagecontent .pageContent-main__textBox {
+
−
            width: 90%;
+
−
            margin: 1rem 5% 3rem 5%;
+
−
            color: var(--text-color);
+
−
            font-size: 1rem;
+
−
            line-height: 1.5rem;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #pagecontent .pageContent-main__textBox p {
+
−
            margin-bottom: 1.1rem;
+
−
            font-size: 1.1rem;
+
−
            line-height: 1.8rem;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #pagecontent .pageContent-main__textBox .name {
+
−
            font-weight: bold;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        #pagecontent .pageContent-main__textBox .image {
+
−
            width: 80%;
+
−
            margin: 2rem 10%;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        .pageContent-side .mytoc {
+
−
            position: -webkit-sticky;
+
−
            position: sticky;
+
−
            top: 12rem;
+
−
            background: transparent;
+
−
            padding: 1.5rem;
+
−
            border: none;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        .pageContent-side .mytoc .toc_list {
+
−
            font-size: .8rem;
+
−
            color: #888;
+
−
            line-height: 1.5rem;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        .pageContent-side .mytoc .toc_list .toclist__item a {
+
−
            color: #888;
+
−
            text-decoration: none;
+
−
        }
+
−
       
+
−
        .pageContent-side .mytoc .toc_list .toclist__item a:hover {
+
−
            color: var(--primary)
+
−
        }
+
−
       
+
−
        @media screen and (max-width: 800px) {
+
−
            #home>.screen>#group1>.title {
+
−
                width: 100%;
+
−
            }
+
−
            #navbar>.logo {
+
−
                padding: 0.5rem 0;
+
−
            }
+
−
            #collapse {
+
−
                height: 0;
+
−
            }
+
−
            #home>.pageContent>.pageContent-side {
+
−
                display: none;
+
−
            }
+
−
            #home>.screen>#group1 {
+
−
                padding-top: 5vh;
+
−
            }
+
−
            #home>.pageContent>.pageContent-main>.profilelist>.profile {
+
−
                width: calc(100% / 3)
+
−
            }
+
−
        }
+
−
    </style>
+
−
            <h2 class="pageContent-main__title">
+
 
                 <!--put tile here, <h2>title</h2>, class="pageContent-main__title" means it is the main title-->
 
                 <!--put tile here, <h2>title</h2>, class="pageContent-main__title" means it is the main title-->
−
                 GI
+
                 VP16
 
             </h2>
 
             </h2>
 
             <div class="pageContent-main__textBox">
 
             <div class="pageContent-main__textBox">
 
                 <!--all the content must included in this div-->
 
                 <!--all the content must included in this div-->
−
                 <p>GI is a photosensitive protein, under the exposure of 450nm blue light, its structure will alter and can form a dimer with LOV. We used GI as a part of our blue light switch.
+
                 <p>VP16 is a transcription activation factor, also commonly used in double yeast hybrid system. It can realize the activation of downstream UAS transcription. It is usually used together with GAL4 combining domain, which can recognize and
 +
                    combine with UAS, to locate UAS.
 
                 </p>
 
                 </p>
 
             </div>
 
             </div>
Line 411: Line 27:
 
             <div class="pageContent-main__textBox">
 
             <div class="pageContent-main__textBox">
 
                 <!--all the content must included in this div-->
 
                 <!--all the content must included in this div-->
−
                 <p style="text-align: center;">
+
                 <img class="image" src="https://2021.igem.org/wiki/images/f/f3/T--CSU_CHINA--tupian8.png">
−
                    <img width="400px" src="https://2021.igem.org/wiki/images/8/87/T--CSU_CHINA--tupian5.png"></p>
+
 
                 <!--put image's url here-->
 
                 <!--put image's url here-->
−
                <p> </p>
+
                 <p style="width: 80%;text-align:center;font-size: .9rem; margin: -1rem auto 1rem auto; color: #888;">Fig.1 The model diagram of LOV-VP16</p>
−
                 <p style="width: 80%;text-align:center;font-size: .9rem; margin: -1rem auto 1rem auto; color: #888;">Fig.1 The model diagram of GIP-miR21T-GI-GAL4-4XmiR21TC</p>
+
 
             </div>
 
             </div>
 
             <h2 class="pageContent-main__title pageContent-main__subtitle">
 
             <h2 class="pageContent-main__title pageContent-main__subtitle">
Line 423: Line 37:
 
             <div class="pageContent-main__textBox">
 
             <div class="pageContent-main__textBox">
 
                 <!--all the content must included in this div-->
 
                 <!--all the content must included in this div-->
−
                 <p>The duration of the combination of GI and LOV after the blue light exposure will alter as the illuminate method and the intensity of the blue light differ. We used strong light for a 30min exposure and then use weak light for another 30min
+
                 <p>GAL4 combining domain is universal among eukaryotic cells, but the activation factor needs to be chosen differently according to the chassis creature.
−
                    exposure.
+
 
                 </p>
 
                 </p>
 
             </div>
 
             </div>
Line 433: Line 46:
 
             <div class="pageContent-main__textBox">
 
             <div class="pageContent-main__textBox">
 
                 <!--all the content must included in this div-->
 
                 <!--all the content must included in this div-->
−
                 <p>[1]Masayuki Yazawa , Amir M Sadaghiani, Brian Hsueh.Induction of protein-protein interactions in live cells using light[J].Nat Biotechnol. 2009 Oct;27(10):941-5.
+
                 <p>[1]Chun Jeih Ryu , Charles E Whitehurst, Jianzhu Chen.Expression of Gal4-VP16 and Gal4-DNA binding domain under the control of the T lymphocyte-specific lck proximal promoter in transgenic mice[J].BMB Rep. 2008 Aug 31;41(8):575-80.
 
                 </p>
 
                 </p>
 
             </div>
 
             </div>

Revision as of 08:13, 20 October 2021

GI

GI is a kind of light-activated protein. If you shine blue light on it, it will change its own structure and will be able to combined with LOV.

VP16

VP16 is a transcription activation factor, also commonly used in double yeast hybrid system. It can realize the activation of downstream UAS transcription. It is usually used together with GAL4 combining domain, which can recognize and combine with UAS, to locate UAS.

1.Pattern diagram

Fig.1 The model diagram of LOV-VP16

2.Caution

GAL4 combining domain is universal among eukaryotic cells, but the activation factor needs to be chosen differently according to the chassis creature.

Reference：

[1]Chun Jeih Ryu , Charles E Whitehurst, Jianzhu Chen.Expression of Gal4-VP16 and Gal4-DNA binding domain under the control of the T lymphocyte-specific lck proximal promoter in transgenic mice[J].BMB Rep. 2008 Aug 31;41(8):575-80.

Sequence and Features


Assembly Compatibility:
  • 10
    COMPATIBLE WITH RFC[10]
  • 12
    INCOMPATIBLE WITH RFC[12]
    Illegal NheI site found at 3147
  • 21
    INCOMPATIBLE WITH RFC[21]
    Illegal BglII site found at 3042
    Illegal XhoI site found at 695
  • 23
    COMPATIBLE WITH RFC[23]
  • 25
    INCOMPATIBLE WITH RFC[25]
    Illegal NgoMIV site found at 1197
    Illegal AgeI site found at 2424
  • 1000
    INCOMPATIBLE WITH RFC[1000]
    Illegal BsaI.rc site found at 1821