Difference between revisions of "Part:BBa K2074008:Design"
(→Design Notes) |
(→Design Notes) |
||
(2 intermediate revisions by the same user not shown) | |||
Line 7: | Line 7: | ||
===Design Notes=== | ===Design Notes=== | ||
+ | <PRE> | ||
+ | Chlamydomonas reinhardtii [gbpln]: 846 CDS's (420455 codons) | ||
+ | fields: [triplet] [frequency: per thousand] ([number]) | ||
+ | |||
UUU 5.0( 2110) UCU 4.7( 1992) UAU 2.6( 1085) UGU 1.4( 601) | UUU 5.0( 2110) UCU 4.7( 1992) UAU 2.6( 1085) UGU 1.4( 601) | ||
UUC 27.1( 11411) UCC 16.1( 6782) UAC 22.8( 9579) UGC 13.1( 5498) | UUC 27.1( 11411) UCC 16.1( 6782) UAC 22.8( 9579) UGC 13.1( 5498) | ||
Line 26: | Line 30: | ||
GUA 2.0( 857) GCA 10.6( 4467) GAA 2.8( 1172) GGA 5.0( 2084) | GUA 2.0( 857) GCA 10.6( 4467) GAA 2.8( 1172) GGA 5.0( 2084) | ||
GUG 46.5( 19558) GCG 44.4( 18688) GAG 53.5( 22486) GGG 9.7( 4087) | GUG 46.5( 19558) GCG 44.4( 18688) GAG 53.5( 22486) GGG 9.7( 4087) | ||
+ | </PRE> | ||
===Source=== | ===Source=== |
Latest revision as of 19:12, 12 October 2016
Cry4Aa(Codon optimization)
Assembly Compatibility:
- 10COMPATIBLE WITH RFC[10]
- 12COMPATIBLE WITH RFC[12]
- 21INCOMPATIBLE WITH RFC[21]Illegal BglII site found at 986
- 23COMPATIBLE WITH RFC[23]
- 25INCOMPATIBLE WITH RFC[25]Illegal NgoMIV site found at 1378
- 1000INCOMPATIBLE WITH RFC[1000]Illegal BsaI.rc site found at 31
Illegal BsaI.rc site found at 184
Illegal BsaI.rc site found at 2071
Illegal BsaI.rc site found at 2611
Illegal BsaI.rc site found at 2920
Illegal BsaI.rc site found at 3487
Illegal SapI.rc site found at 1188
Illegal SapI.rc site found at 1230
Design Notes
Chlamydomonas reinhardtii [gbpln]: 846 CDS's (420455 codons) fields: [triplet] [frequency: per thousand] ([number]) UUU 5.0( 2110) UCU 4.7( 1992) UAU 2.6( 1085) UGU 1.4( 601) UUC 27.1( 11411) UCC 16.1( 6782) UAC 22.8( 9579) UGC 13.1( 5498) UUA 0.6( 247) UCA 3.2( 1348) UAA 1.0( 441) UGA 0.5( 227) UUG 4.0( 1673) UCG 16.1( 6763) UAG 0.4( 183) UGG 13.2( 5559) CUU 4.4( 1869) CCU 8.1( 3416) CAU 2.2( 919) CGU 4.9( 2071) CUC 13.0( 5480) CCC 29.5( 12409) CAC 17.2( 7252) CGC 34.9( 14676) CUA 2.6( 1086) CCA 5.1( 2124) CAA 4.2( 1780) CGA 2.0( 841) CUG 65.2( 27420) CCG 20.7( 8684) CAG 36.3( 15283) CGG 11.2( 4711) AUU 8.0( 3360) ACU 5.2( 2171) AAU 2.8( 1157) AGU 2.6( 1089) AUC 26.6( 11200) ACC 27.7( 11663) AAC 28.5( 11977) AGC 22.8( 9590) AUA 1.1( 443) ACA 4.1( 1713) AAA 2.4( 1028) AGA 0.7( 287) AUG 25.7( 10796) ACG 15.9( 6684) AAG 43.3( 18212) AGG 2.7( 1150) GUU 5.1( 2158) GCU 16.7( 7030) GAU 6.7( 2805) GGU 9.5( 3984) GUC 15.4( 6496) GCC 54.6( 22960) GAC 41.7( 17519) GGC 62.0( 26064) GUA 2.0( 857) GCA 10.6( 4467) GAA 2.8( 1172) GGA 5.0( 2084) GUG 46.5( 19558) GCG 44.4( 18688) GAG 53.5( 22486) GGG 9.7( 4087)
Source
1