Difference between revisions of "Part:BBa K3734005"

 
(2 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
 
 
__NOTOC__
 
__NOTOC__
 
<partinfo>BBa_K3734005 short</partinfo>
 
<partinfo>BBa_K3734005 short</partinfo>
Line 5: Line 4:
 
GAL4 is a kind of protein that can find and combined with UAS DNA structure domain.
 
GAL4 is a kind of protein that can find and combined with UAS DNA structure domain.
  
===Contribution===
 
 
<html>
 
<html>
  
 
<head>
 
<head>
     <meta charset="utf-8" />
+
      
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1, shrink-to-fit=no" />
+
    <meta name="csu_china" content="csu_china" />
+
    <title>Team:csu_china</title>
+
    <!-- Favicon-->
+
    <link rel="icon" type="image/x-icon" href="assets/favicon.ico" />
+
    <!-- Font Awesome icons (free version)-->
+
    <script src="https://use.fontawesome.com/releases/v5.15.3/js/all.js" crossorigin="anonymous"></script>
+
    <!-- Google fonts-->
+
    <link href="https://fonts.googleapis.com/css?family=Montserrat:400,700" rel="stylesheet" type="text/css" />
+
    <link href="https://fonts.googleapis.com/css?family=Roboto+Slab:400,100,300,700" rel="stylesheet" type="text/css" />
+
    <!-- Core theme CSS (includes Bootstrap)-->
+
 
+
    <script src="http://code.jquery.com/jquery-latest.js"></script>
+
    <script src="https://2021.igem.org/wiki/index.php?title=Template:CSU_CHINA/JS/script&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
    <script src="https://2021.igem.org/wiki/index.php?title=Template:CSU_CHINA/JS/scripts&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
 
</head>
 
</head>
  
 
<body>
 
<body>
    <style>
+
            <h2 class="pageContent-main__title">
        .MathJax nobr>span.math>span {
+
            border-left-width: 0
+
        }
+
       
+
        ;
+
        html,
+
        body {
+
            font-family: 'Source Sans Pro', -apple-system, BlinkMacSystemFont, 'Segoe UI', Roboto, 'Helvetica Neue', Arial, sans-serif;
+
            font-size: 16px;
+
            word-spacing: 1px;
+
            -ms-text-size-adjust: 100%;
+
            -webkit-text-size-adjust: 100%;
+
            -moz-osx-font-smoothing: grayscale;
+
            -webkit-font-smoothing: antialiased;
+
            box-sizing: border-box;
+
            width: 100%;
+
            background-color: #fff;
+
            min-height: 100vh;
+
            padding: 0;
+
            margin: 0;
+
        }
+
       
+
        ::-webkit-scrollbar {
+
            display: none;
+
        }
+
       
+
        *,
+
        *:before,
+
        *:after {
+
            box-sizing: border-box;
+
            margin: 0;
+
        }
+
       
+
        :root {
+
            --primary: #074E9F;
+
            --primary-transparent: rgba(7, 78, 159, 0.5);
+
            --blue: #6DBFFF;
+
            --yellow: #FFC93C;
+
            --dark: #0d2b4d;
+
            --title-color: #004290;
+
            --text-color: #00244E;
+
        }
+
       
+
        #navbar {
+
            position: absolute;
+
            left: 0;
+
            top: 0;
+
            width: 100%;
+
            /* background-color:  */
+
            background: var(--primary-transparent);
+
            backdrop-filter: blur(8px);
+
            -webkit-backdrop-filter: blur(8px);
+
            transition: all .3s;
+
            z-index: 999;
+
        }
+
       
+
        #navbar>.logo {
+
            width: 100%;
+
            padding: .5rem 0 0 0;
+
            text-align: center;
+
        }
+
       
+
        #collapse {
+
            padding: 0 3%;
+
            display: flex;
+
            flex-direction: row;
+
            transition: all .3s;
+
        }
+
       
+
        #content {
+
            width: 100%;
+
            padding: 0;
+
            margin: 0;
+
        }
+
       
+
        #top_title {
+
            display: none;
+
        }
+
       
+
        #collapse>.navbar-list {
+
            flex-shrink: 0;
+
            padding: .5rem;
+
            display: flex;
+
            flex-shrink: 0;
+
            text-align: center;
+
            flex-direction: row;
+
            vertical-align: center;
+
            align-items: center;
+
            text-align: center;
+
            justify-content: center;
+
        }
+
       
+
        #collapse>.mainlist {
+
            flex: 1;
+
            /* overflow-y: hidden;
+
                overflow-x: auto; */
+
            /* overflow: auto; */
+
        }
+
       
+
        #collapse>.navbar-list>.navbar-list__item {
+
            font-size: .9rem;
+
            line-height: 1.5rem;
+
            color: #ffffff;
+
            font-weight: bold;
+
            padding: .3rem 1rem;
+
            /* flex: 1; */
+
            text-decoration: none;
+
            margin: 0 .3rem;
+
            font-family: San Francisco Display;
+
            transition: all .3s;
+
            border-radius: 2rem;
+
            position: relative;
+
            cursor: pointer;
+
        }
+
       
+
        #collapse>.navbar-list>.navbar-list__item:hover {
+
            overflow: visible;
+
        }
+
       
+
        #collapse>.navbar-list>.navbar-list__item .navbar-list__menu {
+
            position: absolute;
+
            top: 2.2rem;
+
            background-color: #ffffff;
+
            border-radius: 5px;
+
            box-shadow: 0 3px 10px -2px rgba(0, 0, 0, 0.1);
+
            width: 10rem;
+
            left: calc(50% - 5rem);
+
        }
+
       
+
        #collapse>.navbar-list>.navbar-list__item .navbar-list__menuItem {
+
            padding: .5rem 1rem;
+
            color: #333;
+
            display: block;
+
            text-decoration: none;
+
            cursor: pointer;
+
        }
+
       
+
        #collapse>.navbar-list>.active,
+
        #collapse>.navbar-list>.navbar-list__item:hover {
+
            background-color: var(--yellow);
+
            color: var(--primary);
+
        }
+
       
+
        #collapse>.navbar-list>.teamname {
+
            font-size: 1.5rem;
+
            color: var(--yellow);
+
        }
+
       
+
        #logo {
+
            width: 2.5rem;
+
            height: 2.5rem;
+
        }
+
       
+
        #home {
+
            width: 100%;
+
            min-height: 100vh;
+
            background-color: #ffffff;
+
            display: flex;
+
            flex-direction: column;
+
        }
+
       
+
        #home>.pageHead {
+
            height: 80vh;
+
            width: 100%;
+
            position: relative;
+
            background-position-y: top;
+
            background-position-x: center;
+
            background-size: cover;
+
            background-image: url('/static/images/lab.png');
+
            display: flex;
+
            flex-direction: column;
+
            justify-content: flex-end;
+
            z-index: 0;
+
        }
+
       
+
        #home>.pageHead::before {
+
            content: "";
+
            position: absolute;
+
            top: 0;
+
            left: 0;
+
            width: 100%;
+
            height: 80vh;
+
            background-color: rgba(0, 36, 78, .5);
+
            z-index: -1;
+
        }
+
       
+
        #home>.pageHead>.pageHead-content {
+
            text-align: center;
+
            display: flex;
+
            flex-direction: column;
+
        }
+
       
+
        #home>.pageHead>.pageHead-content>.pageHead-content__title {
+
            font-size: 5rem;
+
            color: #ffffff;
+
        }
+
       
+
        #home>.pageHead>.pageHead-content>.pageHead-content__description {
+
            margin: 6rem 10% 4rem 10%;
+
            font-size: 1rem;
+
            color: #ffffff;
+
        }
+
       
+
        #home>.pageContent {
+
            display: flex;
+
            flex-direction: row;
+
            min-height: 60vh;
+
        }
+
       
+
        #home>.pageContent>.pageContent-side {
+
            width: 20%;
+
            max-width: 200px;
+
            flex-shrink: 0;
+
        }
+
       
+
        #navlist {
+
            background-color: var(--dark);
+
            padding: 2rem .5rem 4rem .5rem;
+
            min-height: 55vh;
+
            border-bottom-right-radius: 2rem;
+
            position: relative;
+
            text-align: center;
+
            display: flex;
+
            flex-direction: column;
+
        }
+
       
+
        #navlist>.pageContent-navlist__head {
+
            padding: 1rem 0 1rem 0;
+
        }
+
       
+
        #navlist>.pageContent-navlist__head>.logo {
+
            margin: 1rem auto;
+
            width: 3.5rem;
+
            height: 3.5rem;
+
            border-radius: 50%;
+
            background-color: #dfdfdf;
+
        }
+
       
+
        #navlist>.pageContent-navlist__head>.title {
+
            color: #ffffff;
+
            font-size: 1.5rem;
+
            font-weight: bold;
+
        }
+
       
+
        #navlist>.pageContent-navlist__item {
+
            color: #ffffff;
+
            font-size: 1rem;
+
            padding: .6rem .1rem;
+
            margin: .1rem 0;
+
            text-align: center;
+
            width: 100%;
+
            transition: all .3s;
+
            text-decoration: none;
+
            border-radius: 3px;
+
            cursor: pointer;
+
        }
+
       
+
        #navlist>.pageContent-navlist__item:hover,
+
        #navlist>.active {
+
            background-color: var(--yellow);
+
            color: var(--dark);
+
        }
+
       
+
        #pagecontent {
+
            padding: 2rem 5%;
+
            position: relative;
+
            flex-shrink: 0;
+
            flex: 1;
+
            max-width: 70%;
+
        }
+
       
+
        #pagecontent .pageContent-main__title {
+
            font-size: 2rem;
+
            line-height: 2.5rem;
+
            color: var(--dark);
+
            position: relative;
+
            display: block;
+
            width: 95%;
+
            margin: 3rem auto 2rem auto;
+
        }
+
       
+
        #pagecontent .pageContent-main__subtitle {
+
            font-size: 1.5rem;
+
            line-height: 2.5rem;
+
            color: var(--dark);
+
            position: relative;
+
            display: block;
+
            width: 95%;
+
            margin: 3rem auto 2rem auto;
+
        }
+
       
+
        #pagecontent .pageContent-main__title::after {
+
            content: "";
+
            position: absolute;
+
            width: 100%;
+
            height: 3px;
+
            background-color: var(--dark);
+
            left: 0;
+
            bottom: -1rem;
+
        }
+
       
+
        #pagecontent .pageContent-main__textBox {
+
            width: 90%;
+
            margin: 1rem 5% 3rem 5%;
+
            color: var(--text-color);
+
            font-size: 1rem;
+
            line-height: 1.5rem;
+
        }
+
       
+
        #pagecontent .pageContent-main__textBox p {
+
            margin-bottom: 1.1rem;
+
            font-size: 1.1rem;
+
            line-height: 1.8rem;
+
        }
+
       
+
        #pagecontent .pageContent-main__textBox .name {
+
            font-weight: bold;
+
        }
+
       
+
        #pagecontent .pageContent-main__textBox .image {
+
            width: 80%;
+
            margin: 2rem 10%;
+
        }
+
       
+
        .pageContent-side .mytoc {
+
            position: -webkit-sticky;
+
            position: sticky;
+
            top: 12rem;
+
            background: transparent;
+
            padding: 1.5rem;
+
            border: none;
+
        }
+
       
+
        .pageContent-side .mytoc .toc_list {
+
            font-size: .8rem;
+
            color: #888;
+
            line-height: 1.5rem;
+
        }
+
       
+
        .pageContent-side .mytoc .toc_list .toclist__item a {
+
            color: #888;
+
            text-decoration: none;
+
        }
+
       
+
        .pageContent-side .mytoc .toc_list .toclist__item a:hover {
+
            color: var(--primary)
+
        }
+
       
+
        @media screen and (max-width: 800px) {
+
            #home>.screen>#group1>.title {
+
                width: 100%;
+
            }
+
            #navbar>.logo {
+
                padding: 0.5rem 0;
+
            }
+
            #collapse {
+
                height: 0;
+
            }
+
            #home>.pageContent>.pageContent-side {
+
                display: none;
+
            }
+
            #home>.screen>#group1 {
+
                padding-top: 5vh;
+
            }
+
            #home>.pageContent>.pageContent-main>.profilelist>.profile {
+
                width: calc(100% / 3)
+
            }
+
        }
+
    </style>
+
              <h2 class="pageContent-main__title">
+
 
                 <!--put tile here, <h2>title</h2>, class="pageContent-main__title" means it is the main title-->
 
                 <!--put tile here, <h2>title</h2>, class="pageContent-main__title" means it is the main title-->
 
                 GAL4
 
                 GAL4
Line 436: Line 49:
 
                 </p>
 
                 </p>
 
             </div>
 
             </div>
<body>
+
</body>
<html>
+
</html>
  
 
<!-- Add more about the biology of this part here
 
<!-- Add more about the biology of this part here

Latest revision as of 08:39, 20 October 2021

GAL4

GAL4 is a kind of protein that can find and combined with UAS DNA structure domain.

GAL4

GAL4 is a common part in double yeast hybrid system. It can recognize and combine with UAS. Because GAL4 is originated from yeast cells, the activation domain can not work in mammalian cells. Therefore, we only used its combining domain and use it together with VP16 which is an activation domain comes from virus to realize the activation of downstream UAS transcription

1.Pattern diagram

Fig.1 The model diagram of GIP-miR21T-GI-GAL4-4XmiR21T

2.Caution

GAL4 combining domain is universal among eukaryotic cells, but the activation factor needs to be chosen differently according to the chassis creature.

Reference:

[1]Chun Jeih Ryu , Charles E Whitehurst, Jianzhu Chen.Expression of Gal4-VP16 and Gal4-DNA binding domain under the control of the T lymphocyte-specific lck proximal promoter in transgenic mice[J].BMB Rep. 2008 Aug 31;41(8):575-80.

Sequence and Features


Assembly Compatibility:
  • 10
    COMPATIBLE WITH RFC[10]
  • 12
    COMPATIBLE WITH RFC[12]
  • 21
    INCOMPATIBLE WITH RFC[21]
    Illegal XhoI site found at 215
  • 23
    COMPATIBLE WITH RFC[23]
  • 25
    COMPATIBLE WITH RFC[25]
  • 1000
    INCOMPATIBLE WITH RFC[1000]
    Illegal BsaI site found at 134